Tháng 7 năm 2020, ông Nguyễn Văn Hùng là một trong những bị hại trong vụ nhà báo, chủ doanh nghiệp, cán bộ công an... nói xấu lãnh đạo ở tỉnh Quảng Trị. Theo đó, ông Nguyễn Văn Hùng[6] cùng với một số lãnh đạo khác của Quảng Trị[7] bị nhóm đối tượng Phan Bùi Bảo Thy (sinh năm 1971, ngụ quận Sơn Trà, TP Đà Nẵng, là nhà báo, từng làm Trưởng Văn phòng Báo Giáo dục và Thời đại tại TP Đà Nẵng), cùng các đồng phạm Lê Anh Dũng (sinh năm 1965, ngụ quận 2 (nay là TP Thủ Đức), TP Hồ Chí Minh, nghề nghiệp kinh doanh và là chủ một doanh nghiệp) và Nguyễn Huy (sinh năm 1977, ngụ TP Đông Hà, Quảng Trị, nguyên là cán bộ Công an tỉnh Quảng Trị) thu thập thông tin tài liệu, biên tập và đăng tải trên mạng xã hội nhiều bài viết có nội dung không đúng sự thật, có nội dung xuyên tạc, xâm phạm uy tín, danh dự, nhân phẩm của ông và các lãnh đạo khác của Quảng Trị.

Vụ việc trên đã được Tòa án nhân dân tỉnh Quảng Trị đưa ra xét xử hơn 1 năm qua. Phiên tòa xét xử vụ việc trên do thẩm phán Lê Thiết Hùng, Chánh tòa Tòa Hình sự, Tòa án nhân dân tỉnh Quảng Trị (nay là Phó Chánh án Tòa án nhân dân tỉnh Quảng Trị) chủ tọa, đã diễn ra với mức án cho các bị cáo như sau: 18 tháng cải tạo không giam giữ đối với đối tượng Lê Anh Dũng, 12 tháng cải tạo không giam giữ đối với đối tượng Phan Bùi Bảo Thy, còn đối tượng Nguyễn Huy bị phạt cảnh cáo.

Không chỉ vậy, trước đó, tháng 6 năm 2020, ông còn là bị hại của nhóm "Báo Sạch" (do đối tượng Trương Châu Hữu Danh cầm đầu). Theo đó, ông bị nhóm "Báo Sạch" được cho là viết bài "sai sự thật" nhắm vào ông tại cuộc bỏ phiếu trong thời gian diễn ra kỳ họp thứ 15 HĐND tỉnh Quảng Trị khóa 7 nhiệm kỳ 2016 - 2021.